2003年，材料与化工学院（筹），筹建办公址-原吴茀之艺术馆（现金华市书画院）。

2004年4月，正式成立材料与化工学院，办公址-学士楼5号。设置高分子材料应用技术、精细化学品生产技术2个招生专业。

2007年1月，生物制药技术专业与环境监测与治理专业并入，更名为化工与制药学院。

2009年，办公址迁至科教实训基地（南楼）。

2010年3月，增设安全技术管理专业，更名为制药与材料工程学院。

2012年，环境科学工程获金华市重点学科。

2012年6月，学院团队获全国职业院校技能大赛“工业分析检验”赛项一等奖。

2014年1月，学院环境监测与减排技术专业实训基地建设项目获得中央地方财政共计440万元的资金支持。

2014年，学院与尖峰药业联合申报立项国家高职院校“双师”教师培训项目，首次开设“康恩贝”订单班。

2014年，学院“阿郎卫士”品牌获金华市市直机关工委党建优秀品牌。

2015年，学院工程技术中心全面开展社会服务，与清洁生产中心、华普检测技术公司、安全科技咨询公司、华亿金华设计院合计承接社会服务项目89项。

2015年，制药技术教学团队获全国石油和化工行业优秀教学团队。

2015年，学院“阿郎卫士”品牌获金华市市直机关工委党建示范点。

2016年4月，学院化工行业特有工种职业技能鉴定站荣获“2014-2015年全国化工行业职业技能鉴定工作先进单位”。

2016年，学院完成“环境监测与减排技术专业实训基地”（央财项目）建设。

2016年5月，学院团队获全国职业院校技能大赛“大气环境监测与治理技术”赛项一等奖。

2016年，学院分工会获评金华市模范职工小家。

2016年，学院“阿郎卫士”品牌获金华市市直机关工委党建知名品牌。

2017年，学院与徐州工业职业技术学院联合主持开展“药品生产技术专业”国家教学资源库的建设；获批全国工业废水处理工（高级）技师培训基地、浙江省专业技术继续教育基地、浙江省生态文明教育基地。

2017年，学院“阿郎卫士”品牌获金华市市直机关党建工作一星知名品牌。

2018年，学院与浙江奥托康制药集团股份有限公司合作，成立金华市奥托康绿色制药高新技术研究所开发中心；与双宏化工公司合作共建研究所。

2018年3月，学院承办金职读书节案例“萤火虫图书漂流市集”入选“中国图书馆最美故事”创新案例。

2018年4月，我院获批省级专业技术人员继续教育基地（节能环保）。

2018年7月，市开发区、中国医药集团总公司四川抗菌素工业研究所与我校正式签署《共建四川抗菌素工业研究所金华分所协议书》，这标志着四川抗菌素工业研究所金华分所正式落地我校。

2018年10月，学院“阿郎卫士”品牌获全国“一校一品”校园文化品牌。同时，我校被评为全国职业院校校园文化品牌示范基地。

2019年，学校“双高”建设方案将生物制药专业群列入“532”规划，规划建设生物医药产教综合体；完成浙江省药品生产虚拟仿真实训中心的建设；川抗所金华分所完成一期实验室建设完成并正常运行。

2019年2月，学院与金华双宏化工有限公司签订合作协议，共建产学研实验室。

2019年3月，《药品生产装备》入选职业教育专业教学资源库药品生产技术子项目建设。

2019年11月，《片剂的制备及使用》获全国职业院校技能大赛教学能力比赛一等奖。

2019年12月，浙中生物医药产教综合体获浙江省级产教融合示范基地。

2020年3月，学院更名为制药学院，同年7月，原医学院药学专业归并到学院。同年，学院与金华市医药与健康协会共同成立金华市医药健康学院；成立金职院川抗所联合实验室；与全球500强辉瑞制药开展合作。

2021年，学院组织18家行业领头企业开展校企合作论坛，共商区域医药人才培养；新增“双宏化工班”“赛默菁英班”“花园班”和“高鑫班”三个校企合作订单班。

2021年5月，《药学服务实务》获教育部课程思政示范课，授课教师入选课程思政教学名师和教学团队。

2021年6月，学院团队以总分排名第一的好成绩获得全国职业院校技能大赛“化工生产技术”赛项一等奖。

2021年12月，《典型事故应急处置》获全国职业院校技能大赛教学能力比赛一等奖。

2022年，学院获批金华市金职院动物用药科学技术研究开发中心；完成药品虚拟仿真实训室、半实物仿真工厂等6个项目建设。

2023年，学院举办金华市新型功能材料学术会议，与扬州大学化学化工学院成立新型功能材料联合实验室。

2023年8月，学院团队获全国职业院校技能大赛“化学实验技术”赛项一等奖。

2024年6月，绿色·安全·智慧跨专业虚拟仿真实训基地获浙江省职业教育示范性虚拟仿真实训基地。

2024年7月，学校升格为金华职业技术大学，学院更名为制药工程学院。

2024年12月，《医院药学》获批职业教育国家在线精品课程。

2025年2月，学院与中国石油化工股份有限公司镇海炼化分公司签订“新型学徒制”企校合作协议，共同举办订单式“新型学徒班”。

2025年2月，制药工程技术专业群入选浙江第二期省“双高”建设单位。

2025年2月，获批教育部2024年学习型社会建设重点任务（高等继续教育领域）培育建设名单。

2025年3月。学院获评石油和化工行业技能人才评价工作“突出贡献单位”。

2025年3月，获批金华市药物绿色创制技术重点实验室。

2025年4月，学院获评东阳木雕科技创新联合体副理事长单位。